Le Chipola College a été fondé en 1947 et a fonctionné pendant un an en tant qu'institution éducative privée.
La Loi sur le Minimum de Fondation de la Floride, adoptée en 1947, comprenait des dispositions pour le soutien public des collèges. En vertu des dispositions de cette loi, un district collégial composé des comtés de Jackson, Calhoun et Washington a été approuvé pour fonctionner en tant qu'institution publique avec le soutien financier des trois comtés et de l'État de Floride. Le Conseil de l'Éducation de l'État a accordé cette approbation, et le Chipola Junior College est devenu une institution publique à compter du 1er septembre 1948.
Le district original des comtés de Calhoun, Jackson et Washington a été élargi par la suite pour inclure les comtés de Holmes et Liberty.