O Chipola College foi fundado em 1947 e operou por um ano como uma instituição educacional privada.
A Lei de Fundação Mínima da Flórida, aprovada em 1947, incluía disposições para o apoio público a faculdades. Sob as disposições desta lei, um distrito universitário composto pelos Condados de Jackson, Calhoun e Washington foi aprovado para operar como uma instituição pública com apoio financeiro dos três condados e do Estado da Flórida. O Conselho Estadual de Educação concedeu essa aprovação, e o Chipola Junior College tornou-se uma instituição pública a partir de 1º de setembro de 1948.
O distrito original dos Condados de Calhoun, Jackson e Washington foi expandido posteriormente para incluir os Condados de Holmes e Liberty.